Kościół nazywany potocznie "Kościołem na wodzie" lub "na wyspie". Jest najbardziej rozpoznawalnym zabytkiem Zwierzyńca i całego Roztocza. Piękna bryła budynku odbija się w wodach stawu, otoczonego drzewami. Dodatkowego uroku dodaje świątyni wspaniała, nocna iluminacja. W II połowie XVII w. w Zwierzyńcu mieszkała Maria Kazimiera, żona III ordynata Jana „Sobiepana” Zamoyskiego, znana jako Marysieńka, późniejsza żona Jana III Sobieskiego. Stworzyła tu wspaniałą rezydencję otoczoną parkiem, ze stawem, wyspami i kanałem, po którym pływano gondolami. (więcej…) Jeńcy tatarscy i tureccy pracowali nad wykopaniem stawu i usypaniem wyspy, na której ustawiono później wypoczynkową altanę (niektórzy mówią o teatrze lub letnim domku). Sto lat później VII ordynat, Tomasz Antoni Zamoyski i jego żona Teresa z Michowskich, na miejscu altany ufundowali kościół pw. św. Jana Nepomucena jako wotum dziękczynne za szczęśliwe narodziny długo oczekiwanego syna Klemensa oraz w intencji powrotu do zdrowia ordynata. Kościół został wybudowany w latach 1741-1747 według projektu architekta Andrzeja Bema. Budynek zbudowany jest z kamienia i cegły w stylu barokowym. Jest jednonawowy, boczne skrzydła stanowią dwie kaplice. Wewnątrz kościół zdobi piękna, iluzjonistyczna polichromia malowana na suchym tynku przez Łukasza Smuglewicza. W dębowym ołtarzu głównym mieści się obraz Matki Boskiej Częstochowskiej, a na zasuwie - obraz św. Jana Nepomucena. Na chórze muzycznym znajdują się organy 4-głosowe, wykonane w 1905 r. W sezonie letnim, od maja do końca września w Kościołku na wodzie msze święte odprawiane są w niedziele o godz. 18-stej. Każdego roku pod koniec maja, podczas odpustu ku czci świętego Jana Nepomucena, wokół kościoła na wodzie odbywa się widowiskowa procesja na łodziach. Jest wyjątkową atrakcją dla turystów i mieszkańców Zwierzyńca.
